古城遺址位于古印加帝國首都庫斯科城南部112公里的高原上，海拔2560米，坐落在安第斯山脈最難通行的老年峰與青年峰之間陡峭而狹窄的山脊上。數百年前，連接馬丘比丘與庫斯科的，只有群山間一條狹窄的印加古道。而今，當人們乘坐旅游列車到達這里時，感受到強烈的震撼：面前的馬丘比丘，似乎隨時都可能從狹窄的山脊滑下萬丈深淵，而正是在這陡峭的、荒無人煙的山脊上，印加人建起了自己的城市。
    馬丘比丘留下的其中一個疑團是，何以印加人要把它建在兩個尖削的山脊間，在群山峻嶺當中?有人認為，答案就在它背后一座山。細看這座山，會發現它赫然是一張巨大臉孔的側面，眼鼻口清晰可見；也許印加人是在發現此奇景后，決定讓馬丘比丘依偎在它身旁。
    馬丘比丘南北長700米，東西寬4 O O米，由2 1 6座建筑物的廢墟組成。絕佳的地理位置使馬丘比丘成了理想的軍事要塞，它的位置也因此曾經是軍事機密。馬丘比丘是個石頭城，古城街道狹窄，整齊有序，宮殿、寺院、作坊、堡壘等各具特色。無論農業區、城市區還是太陽廟，每個建筑都由巨石壘砌而成，每塊石頭都打磨得十分光滑。這些石頭中，有的重量不下200噸，其中一塊石頭有33個角，每個角都跟毗鄰的石頭上的角緊密結合，石塊與石塊之間沒任何黏合劑，卻嚴絲合縫，甚至連薄薄的刀片都插不進去。
    大約1450年，印加帝國的統治者帕查庫特克·印加·尤潘基建造了該城。馬丘比丘曾是一座極其繁盛的城市。它雖然地形險峻，卻有完善的灌溉系統，城內規劃井然，宗教、軍事、民居各占一隅，城中處處透出星辰歷法的玄機，窗戶都指向夏至和冬至的日出方向，這是在沒有車船知識時代的建筑奇跡。
    16世紀時，西班牙趁印加帝國內亂之機，侵略了這個統治南美約百個民族的國家，但馬丘比丘卻因天然的遮蔽而躲過了一次次沖擊。但在1532年，西班牙殖民者入侵秘魯并最終占領了馬丘比丘城。不過后來，這里被西班牙人遺棄，徹底荒廢了300余年。
    1911年，美國耶魯大學考古學家賓厄姆在尋找“消失的印加城市"時，偶然發現了完全掩蓋在一片厚厚熱帶樹林之下的馬丘比丘古城遺址。賓厄姆曾說：  “我所知的世界上，再沒有地方能和這兒的景色和吸引力相比……這兒有云霧繚繞的高大雪峰、奔騰咆哮的急流，婀娜多姿的巨大花崗巖壁傲然聳立。"
    此后，隨著馬丘比丘逐步被外界發現，古城開始向現代社會透射出它曾經輝煌的帝國文明。在1981年，馬丘比丘周圍3 2,5 9 2公頃土地被列為秘魯的“歷史保護區"。這個地區不僅包括遺跡本身，還包括附近的地貌和動植物群，尤其是當地生產的蘭花。
    秘魯政府宣布2011年為“世界馬丘比丘百年年"，以紀念馬丘比丘印加古城建筑被發現100周年。秘魯國會決定承認庫斯科為“觸到云彩的城市"，還決定從美國耶魯大學陸續收回在那里發現和開挖的古代文物。秘魯政府推出了該國最優秀的藝術人物來舉辦文藝演出，邀請國際人士舉行展覽和學術討論會，在印加遺址舉行音樂會等一系列紀念活動。
    美國考古學家賓厄姆于l911年以租借為名，從馬丘比丘帶走4千多件古文物回耶魯大學。在秘魯政府長期要求之下，這些文物至今仍然未被歸還。為了古文物，秘魯與耶魯大學追討多年，甚至對簿公堂，最后美國奧巴馬總統在秘魯總統親自游說下，與耶魯大學進行道德勸說希望讓步，終于在2011年耶魯大學退讓，愿意歸還第一批、總計366件文物，這些文物于2011年3月30日星期三，運抵秘魯總統府。